Muzeum Napajedla se ve svých stálých expozicích věnuje nejen historii města, ale také průmyslových podniků Fatra a Slavia bratří Paříků. Malé návštěvníky láká do Hřiště hraček – expozice, která hravou formou přiblíží legendární hračky designérky Libuše Niklové a Alfréda Kluga.
Muzeum pořádá také krátkodobé výstavy v moderním audiovizuálním sálu. V objektu Nového Kláštera je kromě muzea návštěvníkům k dispozici též Informační centrum a kavárna Café Klášter.
Areál muzea je plně bezbariérově přístupný, disponuje parkovacími místy pro osoby s omezenou pohyblivostí i stojany pro jízdní kola.