V muzeu je jediná stálá expozice na Moravě věnovaná nejvýznamnějšímu hodonínskému rodáku, 1. československému prezidentu Tomáši Garrigue Masarykovi. Základním motivem expozice je cesta jeho celým životem. Doplnění tvoří tři krátké audiovizuální programy a závěrečný film. Část expozice je věnována i historii města Hodonína. Muzeum zajišťuje také různé akce v budově na Národní třídě v sále Evropa.
Muzeum sídlí v barokní budově nazývané zámeček Hodonín. Nejde však o bývalý zámek či hrad v Hodoníně. Bývalý zámecký areál se přeměnil v tabákovou továrnu, jejíž areál stojí jen kousek od zámečku.