Muzeum se nachází v domě na Palackého ulici č. 94, asi 150 m od Masarykova náměstí v centru města.

Muzeum Napajedla se začalo znovu budovat od června roku 1999, kdy získalo uvolněné prostory. Otevřeno bylo v roce 2000. Na první výstavu s názvem "Jak se žilo a hospodařilo za našich babiček" navázaly sezónní vánoční a velikonoční výstavy zaměřené na lidové tradice a zvyky. Muzeum nemá stálou expozici.

Osmnáctičlennému kolektivu milovníků historie, nadšených a obětavých členů Muzejního klubu se podařilo mravenčí prací sesbírat různé staré předměty, fotografie a dokumenty, ze kterých se tvoří fond muzea. Také se vytvořil širší okruh zájemců o historii z řad občanů města, kteří pravidelně navštěvují pořádané výstavy a aktivně se podílejí na činnosti muzea tím, že věnují různé staré předměty, nebo v případě rodinných památek a relikvií jsou ochotni předměty na výstavy zapůjčit. Dá se hovořit o desítkách občanů nejen z Napajedel ale i z blízkého okolí. Dosvědčuje to skutečnost, že na každé vernisáži výstav je návštěvnost 50 až 60 osob.