Muzeum jihovýchodní Moravy sídlí ve zlínském zámku na Soudní ulici č. 1 v centru města. Během roku 2012 se má však přemístit do nově vznikajíchích prostor do 14l15 Baťova institutu, konkrétně do 14. budovy. V závěru roku 2011 skončila na zlínském zámku jedna ze stálých expozic Muzea jihovýchodní Moravy – Zlínské filmové studio od reklamy k tvorbě pro děti a v březnu 2012 expozice - S inženýry Hanzelkou a Zikmundem pěti světadíly. Všechny exponáty byly pečlivě uloženy do depozitářů a návštěvníci je znovu uvidí až ve zbrusu nové podobě jako součást nové expozice Princip Baťa: Dnes fantazie, zítra skutečnost ve 14l15 Baťově institutu.

První zlínské muzeum bylo po dlouholetých přípravách založeno v polovině 30. let 20. století pod názvem Museum města Zlína, jeho činnost byla však velmi omezená. V roce 1944 došlo k dohodě s firmou Baťa, která pro sbírky vyčlenila jedno patro v Památníku T. Bati, a expozice byla ve stejném roce otevřena pro veřejnost. Po válce byly sbírky z poškozeného Památníku převezeny do zámku Lešná a v letech 1951-52 na hrad Malenovice. V roce 1953 pak vzniklo Krajské muzeum v Gottwaldově se sídlem nejprve na hradě v Malenovicích, v r. 1955 se přestěhovalo do Lešné a od r. 1958 se natrvalo stal jeho sídlem zlínský zámek. K poslední změně došlo v r. 1990 v souvislosti s navrácením původního jména městu.

V současné době jsou ve zlínském zámku umístěny 2 expozice. První je Pamětní síň Františka Bartoše – expozice věnovaná národopisci, folkloristovi, jazykovědci a pedagogovi Františku Bartošovi. Návštěvníci druhé, nově otevřené expozice Bydlení v baťovském Zlíně, mají možnost spatřit vybavení typické pro obyvatele Zlína v časech největšího rozmachu firmy Baťa, v 1. pol. 20. století.

Další expozice muzea jsou umístněny v prostorách Obuvnického muzea ve Zlíně (expozice seznamuje návštěvníky s historií i současností obouvání a vývojem výroby obuvi), v prostorách malenovického hradu (expozice se zde věnují archeologickým nálezům z regionu, geologickým, přírodovědným a historickým tématům). Muzeum luhačovického Zálesí v Luhačovicích představuje unikátní sbírku dokladů tradiční lidové kultury regionu Zálesí, ve kterém se prolínají vlivy Valašska, Slovácka a Hané. Muzeum jihovýchodní Moravy ve Zlíně spravuje také Národní kulturní památník Ploština.

Expozice / prohlídková trasa

Pamětní síň Františka Bartoše (1837 - 1906) – národopisce, folkloristy, jazykovědce a pedagoga, seznamuje návštěvníka s nejvýznamnějšími událostmi jeho života a s jeho díly. Doplněna je částí zařízení Bartošovy pracovny z jeho rodného domku v Mladcové.

Expozice / prohlídková trasa

Bydlení v baťovském Zlíně – tato expozice byla v minulých letech k vidění ve skutečném baťovském domku Nad Ovčírnou nedaleko hotelu Moskva. V roce 2011 se však objekt vůbec nepodařilo na hlavní sezónu otevřít, kvůli opakovanému výskytu dřevomorky. Konzervátoři Muzea jihovýchodní Moravy ve Zlíně odsud odvezli veškeré vybavení, protože hrozilo jeho nevratné poškození. Návštěvníci zlínského zámku tak nyní mají možnost vidět vybavení typické pro obyvatele Zlína v časech největšího rozmachu firmy Baťa, v první polovině minulého století. Nechybí zde kuchyňská kredenc, stůl s výsuvným dřezem na mytí nádobí, útulný obývák, či ložnice. Vše je doplněno fotovýstavkou dokumentující bydlení i další služby, které obyvatelé i návštěvníci Zlína mohli tehdy využívat – třeba pokoje nebo jídelnu na hotelu Společenský dům (dnešní hotel Moskva). Výstavu také zpestřuje řada předmětů běžné denní potřeby, od kuchyňského vybavení, přes gramofon nebo ozdobnou panenku v pletených šatičkách zdobící postel.

Expozice / prohlídková trasa

Studovna – Otevřeno: úterý a čtvrtek 13.00-17.00 hodin