Pochází z roku 1550, tedy z doby, kdy v Mikulově působil rabi Löw. Její současná barokní podoba vznikla kolem roku 1720 po požáru zámku a židovské čtvrti. Synagoga představuje poslední dochovaný příklad templu tzv. polského typu u nás. Vyznačuje se čtveřicí kupolí, nesenou čtyřmi sloupy, jež stojí uprostřed síně. Po rekonstrukci v letech 1977–1989 sem byla umístěna expozice věnovaná moravským Židům.

Z důvodu rekonstrukce je objekt uzavřen.