O stavebních počátcích a proměnách kostela sv. Filipa a Jakuba v průběhu staletí není mnoho informací. Dle nepřímých informací se považuje založení kostela 15. století. Ve druhé polovině 16. století kostel prochází renesanční přestavbou a k další změně kostela přispěla barokní atmosféra počátkem 18. století.

Na nejstarší mapě Zlína je znázorněn půdorys kostela orientovaný hlavní osou od východu k západu a s věží vlevo vedle vstupu. Během rozsáhlé rekonstrukce kostela v 19. století dochází k zásadní přestavbě kostela – je otočen svou hlavní osou od severu k jihu. Poloha věže však zůstala nezměněna až do dnešních dnů. Rychlé a neodborné stavební práce zapříčinily zřícení chrámu v roce 1803. Kostel byl znovuobnoven a po mnoha peripetiích v roce 1830 dokončen. O čtyři léta později věž kostela ozdobily věžní hodiny, v interiéru se znovu postavily všechny tři oltáře, kazatelna a křtitelnice dostaly novou výzdobu, renovace se dočkaly rovněž varhany.

S velkým úsilím vybudovaný kostel, který představoval i hodnotné architektonické dílo, v květnu 1849 znovu vyhořel. Majitel panství Klaus Bretton nechal kostel opravit. Z té doby pochází pravděpodobně kamenný erb Brettonů nad hlavním vstupem, který je patrný i dnes. V roce 1866 bylo v kostele zavěšeno 14 obrazů křížové cesty od akad. malíře Františka Zedníka. Tato křížová cesta byla v kostele až do roku 1970, kdy byla v kostele nahrazena moderní plastickou křížovou cesta od akad. sochaře Karla Stádníka. Podoba zlínského kostela s vysokou jehlancovitou střechou z poloviny 19. století, přetrvala do dnešních dnů.

V roce 1969 se začalo s úpravou interiéru kostela v duchu liturgických předpisů Druhého vatikánského koncilu podle návrhu akad. malíře Františka Peňáze, které se uskutečňovaly až do osmdesátých let 20. století. Během úprav byl pořízen nový mramorový oltář, podlahy, stěny byly obloženy mramorem, nástropní obrazy restaurovány, kostel vymalovaný. Od počátku roku 2009 byla provedena oprava kůru, Lurdské kaple a kaple nad sakristii. Do kostelní věže byly umístěny dva nové bronzové zvony (sv. Zdislava a sv. Cyril a Metoděj).